La CIDH fue recibida por el Presidente de Paraguay, Luis González Macchi en el Palacio de Gobierno, en el marco de la visita in loco realizada del 28 al 30 de julio de 1999. En Asunción, la Comisión Interamericana celebró reuniones con otras altas autoridades de los tres poderes del Estado y visitó los establecimientos penitenciarios de Tacumbú, El Buen Pastor y el entonces llamado Correccional de Menores "Panchito López". La delegación recorrió las instalaciones de cada uno de los referidos establecimientos y se entrevistó con las autoridades y personas privadas de libertad. La CIDH se trasladó igualmente a las ciudades de Encarnación, San Pedro y Concepción, y en cada una de ellas desarrolló una agenda de trabajo que incluyó visitas a centros de detención, entrevistas con autoridades locales y representantes de la sociedad civil. La delegación estuvo también en la región del Chaco, donde visitó las comunidades indígenas de Yakye Axa y Sawhoyamaxa, cuyos habitantes llevaban varios años intentando recursos judiciales para reivindicar la propiedad ancestral de sus tierras. A lo largo de la visita, la CIDH recibió diversas denuncias de presuntas violaciones de derechos humanos y se entrevistó con personas que suministraron información adicional sobre peticiones en trámite.